ВЦЭМ был создан в 1992 году в Санкт-Петербурге на основании постановления Государственного комитета по оперативному управлению народным хозяйством СССР от 12 сентября 1991 г. № 17, распоряжения Первого заместителя Председателя Верховного Совета РСФСР от 25 октября 1991 г. № 1805-1/1 и решения Ленгороблисполкомов и Облсовпрофа от 14 января/4 февраля 1991 г. № 12/104/11.
Учредителями ВЦЭМ являлись: Правительство Российской Федерации, МЧС России (до 1994 г. Госкомчернобыль России и ГКЧС России), Минздрав России (до 1996 г. Минздравмедпром России и Госкомсанэпиднадзор России), Минобороны России, Правительство Санкт-Петербурга, Правительство Ленинградской области, Союз «Чернобыль» России.
Распоряжением Совета Министров — Правительства Российской Федерации от 19 ноября 1993 г. № 2077-р на Центр были возложены функции головной организации по оказанию медицинской помощи участникам ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС и лицам, переселенным из радиоактивно загрязненных районов Российской Федерации, приказом Минздравмедпрома России от 19 апреля 1995 г. № 103 он определен и как региональный центр (15 субъектов Российской Федерации); по согласованию с Правительством Российской Федерации в 1995 г. ему придан статус Центра, сотрудничающего со Всемирной организацией здравоохранения по проблемам лечения и реабилитации ликвидаторов ядерных и других катастроф (приказ Минздравмедпрома России от 4 июля 1995 г. № 197). ВЦЭМ является координатором проекта «Ликвидатор» международной программы «АЙФЕКА», членом Международной системы готовности к ядерным и радиологическим чрезвычайным ситуациям (REMPAN), исполнителем ряда других международных проектов.
